ФПКП был образован в 1990 году как специальный факультет переподготовки и повышения квалификации кадров.

Первым деканом ФПП был И.Т. Митенко, с 1992 по 2000 год факультет возглавлял Ю.И. Бодров. Он окончил физический факультет КГУ в 1974 году. С 1976 года работал в НХТИ начальником лаборатории ЭВМ, с 1998 года — начальником ИВЦ.

С 2000 года по июль 2011 года деканом являлся кандидат физико-математических наук Н.Н. Саримов.

С июля 2011 года по май 2013 года деканом факультета являлась  старший преподаватель кафедры математики Ю.В. Пономарева.

В настоящее время возглавляет факультет повышения квалификации и переподготовки А.Н. Гайфутдинов — доцент, кандидат физико-математических наук.